Trong suốt những ngày lễ hội sẽ diễn ra nhiều nghi lễ truyền thống, trong đó quan trọng nhất là lễ khai ấn và dâng hương tưởng niệm 574 năm Ngày mất Anh hùng dân tộc, Danh nhân văn hóa thế giới Nguyễn Trãi với sự tham gia của đội tế lễ nhân dân làng Vạn Yên, Dược Sơn trong vùng. Nét riêng đặc sắc của phần lễ là Lễ rước bộ và Hội quân trên sông Lục Đầu, con sông chảy ngang qua đền Kiếp Bạc. Trên chính dòng sông này, cách đây hơn bảy thế kỷ, Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn đã cùng tướng sĩ hội quân luyện tập chống quân xâm lược Nguyên Mông.
Khung cảnh lễ hội quân tưng bừng sẽ được tái hiện hoành tráng trong khoảng không gian rộng, cả trên bờ và dưới lòng sông, cùng nhau biểu diễn tái hiện hào khí Đông A của quân dân nhà Trần. Trên khán đài được dựng ngay trên bãi sông, các đội múa lân, múa rồng, múa võ, múa gậy… có những bài biểu diễn tưng bừng, đẹp mắt trong tiếng trống hội rộn rã.
Lễ cầu an và hội hoa đăng trên dòng sông Lục Đầu cũng là một điểm nhấn đáng chú ý của lễ hội mùa thu Côn Sơn - Kiếp Bạc năm nay với hàng trăm chiếc đèn hoa được thả. Tham dự những nghi lễ này, du khách không chỉ được sống trong bầu không khí thiêng liêng, tưởng nhớ tới người đã khuất, cầu mong cho cuộc sống hiện tại bình an; mà còn khơi dậy niềm tự hào, biết ơn các bậc tiền nhân đã có công dựng xây và giữ nước.
Phần hội năm nay có nhiều trò chơi dân gian: Múa rối nước, kéo co, bịt mắt đập niêu, bắt vịt, đi cầu khỉ, nhảy bao bố… và các màn biểu diễn nghệ thuật dân gian như: hát chèo, quan họ, ca, múa, nhạc… Tại lễ hội mùa thu Côn Sơn - Kiếp Bạc, ngành văn hóa, thể thao và du lịch tỉnh tổ chức liên hoan múa rối nước Hải Dương lần thứ sáu cùng giải đua thuyền chải tỉnh Hải Dương.
Lễ hội mùa thu Côn Sơn - Kiếp Bạc 2016 là lễ hội có quy mô lớn và quan trọng của cả vùng đồng bằng Bắc Bộ. Hiện tại, các tiểu ban tổ chức đã tích cực triển khai nhiều hoạt động chuẩn bị cho lễ hội, bảo đảm hệ thống dịch vụ phục vụ đông đảo khách trảy hội, bố trí, phân luồng xe, bãi đỗ xe để không xảy ra tình trạng ùn tắc, lộn xộn. Những người làm dịch vụ như trông giữ xe, bán hàng, chụp ảnh… đã ký cam kết hoạt động theo quy định của ban tổ chức, thu tiền theo giá niêm yết, không chèo kéo khách, bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm. Đội ngũ giữ an ninh, trật tự cho lễ hội cũng đã được tập huấn, bố trí hợp lý tại các khu vực trong hai khu di tích. Trước và trong những ngày diễn ra lễ hội, các đoàn kiểm tra liên ngành đã và sẽ liên tục kiểm tra, chấn chỉnh kịp thời những sai phạm có thể xảy ra.
Ngành văn hóa, thể thao và du lịch tỉnh Hải Dương cũng đã phối hợp địa phương và các đơn vị kinh doanh lưu trú trong khu vực thực hiện chương trình khuyến mại dành cho các đơn vị lữ hành trong dịp này. Được biết, giá phòng nghỉ cho khách dự hội hiện đã giảm từ 10 đến 30% so giá niêm yết. Ngoài ra, Ban quản lý khu di tích cũng tổ chức hướng dẫn viên và thuyết minh miễn phí cho các đoàn khách tham quan khu di tích, danh thắng.